ENИнститутът е структуриран в 9 секции:
- Биоинформатика и математическо моделиране
- Биомакромолекули и биомолекулни взаимодействия
- Биомеханика и управление на двигателната дейност
- Електроиндуцирани и адхезивни свойства
- Възбудими структури
- Липид-белтъчни взаимодействия
- Обработка и анализ на биомедицински данни и сигнали
- Фотовъзбудими мембрани
- QSAR и молекулно моделиране