Институтът по биофизика и биомедицинско инженерство е основан на 1 юли 2010 г. с решение на 26ото заседание на Общото събрание на Българската академия на науките на 22 март 2010 г. Създаден е чрез сливането на бившите Институт по биофизика при БАН и Централна лаборатория по биомедицинско инженерство “Проф. Иван Даскалов” като техен универсален правоприемник.
Бившият Институт по биофизика е създаден през 1967 г. като Централна лаборатория по биофизика и е трансформиран в институт през 1994 г.
Бившата Централна лаборатория по биомедицинско инженерство е създадена през 1994 г. и през 2004 г., в памет на своя основател проф. Иван Даскалов, приема неговото име.