ENИнститутът е структуриран в следните научни структурни звена:
Секции
- Биоинформатика и математическо моделиране
- Биомакромолекули и биомолекулни взаимодействия
- Електроиндуцирани и адхезивни свойства
- Липид-белтъчни взаимодействия
- Обработка и анализ на биомедицински данни и сигнали
- Фотовъзбудими мембрани
- Управление на двигателната дейност
- QSAR и молекулно моделиране
